丁丁的博客

半年前，我开始接触生物信息学，但学了一段时间，总觉得悬在空中，纸上谈兵。经过半年的摸趴滚打，我总算摸索出了一条比较适合学生物出身者的生物信息学的学习只路。（纯属个人观点，还请大家指正）
第一阶段：入门期。
建议用书：《生物信息学-- 基因和蛋白质分析的实用指南》（下载：
http://www.bio-soft.net/ ) 或 《生物信息学》（下载同上）
该阶段目标：弄清生物信息学的一些基本概念，研究内容等，并结合实例亲手进行DNA序列的查找，BLAST，FASTA等分析。
第二阶段：深入期
建议用书：Beginning Perl for Bioinformatics、Mastering Perl For Bioinformatics、Oreilly BLAST（下载： http://www.dnathink.org）
推荐网站 www.bioperl.org

用16:9的宽屏玩4：3的游戏，直觉告诉我画面会被拉扁。LG的宽屏显示器一键切换到4：3画面的确是个不错的功能，但我的Philips 190CW8没有一键切换哇！今天惊奇的发现，nVidia和ATI的显卡里都有一个保持数字面板比例的选项。就那么简单设置一下，进入游戏就会自动保持 比例，按的动作都免了，这样看来LG那一项功能感觉有点多余啦？！ nVidia显卡设置：

如果仅仅从三者的区别来讲的话，主要需强调以下几点：
1. 所含桌面种类不同：Fedora 安装介质至少包括 GNOME、KDE 两种桌面及其分别附带的核心应用程序；而 Fedora Live 只含 GNOME 桌面及其附属应用程序，Fedora KDE Live 只含 KDE 桌面及其附属应用程序。
2. 是否可以直接通过光盘运行：Fedora 安装介质只能用来安装系统，不能直接运行；而两种“Live”光盘（如果是安装镜像的话，一定要刻成光盘）均可在机器启动时直接运行。运行进入桌面后，如果需要的话可以将光盘上的内容安装到电脑上。此外，Fedora 8 以后的“Live”介质还可以用来制作自启动 U 盘。

 
为了支持公共使用和散布基因表达数据，NCBI开始了基因表达汇编（GEO）计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自于microarray，高密度寡核苷酸array（HAD），杂交膜（filter）和SAGE的许多类型的基因表达数据都被接受，登记，和存档，作为一个公共数据集合。一系列预先计算的数据的定义和描述，以及用于交互检索和分析这些表达数据的在线工具即将放入。
数据仓库图解
一个GEO仓库概念图解的顶层视图显示四个基本实体：提交者，平台，系列和样本。
提交者：提交者的联系和登录信息
同许多平台，许多样本和许多系列有关系。
平台：关于用于以高通量方式检查样本的物理试剂的信息。
同一个提交者，许多样本有关。
样本：关于被检查的mRNA样本，实验条件，和实验产生的基因表达

 

http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/Rcmdr.html

http://socserv.mcmaster.ca/jfox/

http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/

 R Commander

可能大多数人刚开始学R，对R的Console深有感触，非常简洁，甚至简洁到你不可思议的程度，没有提供像SPSS、stata、SPLUS等菜单式操作。而我们的R也有完全可以支持这种“鼠标为主”的用户工作方式，其实John Fox的Rcmdr包就是一个相当赞的尝试，Rcmdr有人称之为“山寨版的SPSS” 。而该包主要使用了R中最基础的tcl/tk等包，可以说只要你安装了推荐的一些包，再加上Rcmdr中的图像 框架就实现了很多人所要求的“鼠标”操作。

这确实